まだ、人とポケモンが親密に暮らすことが珍しかった、遠い昔の時代。やがてシンオウ地方という名で呼ばれる「ヒスイ地方」の海岸で目を覚ました主人公は、ポケモン図鑑の完成を夢見るラベン博士にポケモン調査の素質を認められたことをきっかけに、ギンガ団に入団して調査隊の一員になる。ヒスイ地方の各地では、突如ポケモンが凶暴化する謎の現象が発生していることから、主人公は「コンゴウ団」と「シンジュ団」の長やキャプテンたちと協力し調査を進め、ヒスイ地方の謎に迫る。