東京都千代田区にある、ごく普通の女子高校の「音ノ木坂学院（おとのきざかがくいん）」。地域の人々の想い出に育まれた歴史と伝統あるこの学院も時代の流れには勝てず、3年後に迫る学校統廃合の危機に瀕していた。そんな中、9人の生徒が立ち上がる。彼女たちは、自らがアイドルとして活動し、学校の名を世に広め、入学希望者を増やそうと考えたのだ。今、少女たちと、まだ見ぬファンのみんなで叶える物語＝スクールアイドルプロジェクトが始まった。

国立音ノ木坂学院の廃校計画が理事長より発表された。2年生の高坂穂乃果は、親友の南ことりや園田海未と廃校を阻止するアイデアを考えるが名案は浮かばず、妹の雪穂の反応も冷たい。そんな折、穂乃果は学校が擁するアイドル「スクールアイドル」が全国的に流行していることを知り、自分達でも行おうと決める。